Гостиница Протон предлагает сегодня гостям 84 комфортабельных номера. Номерной фонд гостиницы Протон был основательно отремонтирован и переоборудован во время капитального ремонта в 2002 году. Окна большинства номеров гостиницы выходят на Филевский парк.
В номерах гостиницы Протон сегодня есть возможность использования персонального компьютера и Интернет-порт. Все номера оборудованы качественной импортной мебелью, феном, холодильником - мини-баром и кондиционером. В номерах категории Люкс гостям предлагаются банный халат и тапочки.